До убийства Александра II некоторые представители новой еврейской молодежи поддерживали движение народовольцев: прежде всего, они разделяли идею мирного крестьянского социализма. Но и среди народовольцев-террористов оказалось несколько евреев, и в массовом сознании факт цареубийства цепко связался с пророчествами о грядущем еврейском засилье, которые в предыдущие годы лились со страниц антисемитской печати.

Первые еврейские погромы вспыхнули через пару недель после гибели Александра, а пик их пришелся на период с апреля 1881 по апрель 1882 года. Погромная волна охватила шесть губерний в центре и на юге Украины. В мае произошел погром в Одессе, зимой — погром в Варшаве, в апреле 1882 самый страшный погром в Балте на Украине. В целом нападения на евреев продолжались постоянно в течение этих двух лет и спорадически возникали до 1884 года. Вновь введенная цензура старалась не допустить распространение информации об этих событиях. Само слово «погром» удалялось из статей и передовиц в российских газетах, но именно в тот период оно получило распространение в Европе и вошло в европейские языки.

Пришедший в 1881 году к власти Александр III не вникал глубоко в государственные дела и доверил разработку охранительной государственной политики своему бывшему воспитателю К. П. Победоносцеву. Победоносцев и его ставленники в министерствах считали, что причина роста политической активности низших слоев населения кроется не в недостаточности реформ, как это виделось Лорис-Меликову, а в их избыточности. Посему главной задачей ставилось преодоление того, по мнению Победоносцева, отрицательного эффекта, который дали уже проведенные реформы. И евреев это должно было коснуться едва ли не в первую очередь.

Рассматривая погромы как нежелательное явление, но видя виной погромов экономическую деятельность самих евреев, новое правительство пошло на ограничения еврейского законодательства и ужесточение административных мер. В мае 1882 года были утверждены «Временные правила», по которым евреям запрещалось поселяться в сельской местности, заключать арендные договоры, торговать в дни православных праздников. В течение 80–90-х годов были приняты и другие законы, ограничивающие евреев в имущественных правах, в торговле, в участии в земском и городском самоуправлении. С 1887 года евреи-вольноопределяющиеся в армии потеряли право сдавать экзамен на офицерский чин, а в июле того же года министром И. Д. Деляновым был издан циркуляр, вводивший процентную норму для евреев в учебных заведениях империи (10% в черте оседлости, 5% — вне черты и 3% — в столицах). Эта мера решительно перечеркивала усилия всех предыдущих правительств, направленные на привлечение евреев к образованию.

Таким образом, государственный курс на слияние евреев с христианским окружением, резко сменялся новым курсом — на отторжение евреев от русских. Об этом не стесняясь высказывался новый министр внутренних дел Игнатьев, намекая еврейским представителям на то, что западная граница для них всегда открыта. Кульминацией этой политики стало опубликование в 1891 году Высочайшего повеления о высылке из Москвы евреев, не приписанных здесь к мещанскому или купеческому сословию. Под действие этого указа подпали около 20 тысяч человек, в том числе и известный художник Исаак Левитан.

Резкое ухудшение положения российских евреев с начала 80-х годов поставило перед ними несколько вариантов выбора.

Эмиграция
Евреи стали покидать Россию. Главной причиной эмиграции была бедность. Подавляющее большинство евреев в этот период жили в городах, занимались мелкой торговлей и ремеслом. На рубеже XIX–XX веков средний доход еврея был в три раза ниже, чем средний доход украинского крестьянина. Две трети еврейских семей выживали за счет поддержки благотворительных обществ. Начавшиеся погромы для многих стали, скорее, последней каплей, чем реальной причиной эмиграции. В 70-е годы из страны уехали около 50 тысяч, а с 80-х годов начинается массовый отъезд. За последующие тридцать пять лет Россию покинули 1 млн. 980 тыс. евреев. Из них около полутора миллионов добрались до Америки. С этого момента еврейская община США постепенно становится крупнейшей и наиболее влиятельной в мире. На втором месте стояла эмиграция в Великобританию (120 тыс.) В Аргентину и Канаду уехали около 65 тыс. В Эрец-Исраэль (Палестина) уехали за этот период около 45 тыс. человек.

Национализм
Другой реакцией на кризис стало появление еврейского национального движения. В 1882 году еврейский просветитель и некогда активный сторонник русификации Леон Пинскер издает книгу «Автоэмансипация», в которой излагает идею о невозможности ассимиляции евреев, поскольку еврейское происхождение всегда будет негативно восприниматься окружением. В 1881 году сразу за первыми погромами начали возникать общества помощи пострадавшим. На их основе возникли ячейки «Хиббат Цион» («Любовь к Сиону») — первой организации, поставившей задачу формирования «еврейского очага» в Палестине. Сторонников переселения в Палестину стали называть палестинофилами, а позднее — сионистами (от символического названия Земли Израиля Сион).

Уже к концу 1881 года началась подготовка к переезду туда первых энтузиастов. Против этих планов активно выступали представители традиционного лагеря, по мнению которых евреи могут переселяться в Эрец Исраэль, только чтобы ожидать там прихода Мессии. Столь же негативно отнеслись к этим устремлениям и представители крупного бизнеса, которых не так сильно затронули новые антиеврейские законы. Однако активность российских палестинофилов все расширялась, и в 1897 году на первом сионистском конгрессе в Базеле они составили примерено треть делегатов. А с начала XX века российские сионисты стали играть едва ли не решающую роль в развитии сионистского движения.

Радикализация
Другим ответом на усиливающееся давление стала радикализация еврейской молодежи. В определенной мере этому способствовало ограничение на получение евреями образования. Вынужденные учиться в университетах Европы, еврейские юноши нередко «заражались» там идеями социализма и возвращались на родину уже готовыми революционерами. Радикализация евреев шла очень быстрыми темпами. Если в рядах народовольцев в 70-е годы евреев было немного, то после начала погромов их число каждые пять лет увеличивалось на пять процентов. В 1903 году основатель Всемирной сионистской организации Теодор Герцль встречался с председателем Кабинета министров С. Ю. Витте, который сказал ему, что евреи составляют примерно половину всех деятелей революционного движения. Действительно, среди арестованных революционеров евреев обнаруживалось около трети (евреи составляли 4% всего населения империи). Откуда же они взялись? Перепись 1897 года показывает, что евреи являлись самым урбанизированным народом империи, то есть подавляющее большинство евреев проживали в городах и местечках. Для 97% родным языком указан идиш, однако 45% мужчин и 25% женщин знали русскую грамматику и по этому показателю евреи стояли на втором месте в империи после немцев. От 2/3 до 2/4 евреев были заняты в промышленности и торговле. Значительная часть занимались: журналистике, адвокатуре. При этом евреи были ограничены в праве жительства, в получении образования, в выборе профессии, в военной и гражданской службе. В такой ситуации появление среди них революционеров было просто неизбежно. Неудивительно, что первой массовой социалистической партией в России стала еврейская партия Бунд («союз» на идише), основанная в Вильно в 1897 году.

Ассимиляция
Наконец, последней из предоставленных историческим выбором возможностей оставалась социальная и культурная интеграция, подразумевающая постепенную ассимиляцию. Указы периода «великих реформ» Александра II позволили многим евреям поселиться во внутренних губерниях империи, где большинство из них нашли применение своим талантам и амбициям. Эти слои довольно быстро стали элитой еврейского и российского общества. Прежде всего, это касалось предпринимательства. Особенно заметно евреи участвовали в банковской сфере (Гинзбурги, Поляковы), в чайной торговле (Высоцкие, Гоцы), в сахарной промышленности (Бродские). Многие образованные евреи шли в медицину, адвокатуру, журналистику. В конце XIX века Россия была главным центром литературы на идише, лучшие образцы которой явлены произведениями Шолом-Алейхема и Ицхока-Лейбуша Переца. Несмотря на запрет, действовавший с 1885 по 1905 годы, активно развивался еврейский театр. Его ярким представителем был в тот период Аврахам Гольдфаден. Активно развивалась область исторических исследований: Семен Дубнов, Саул Гинзбург, Петр Марек закладывали в этот период фундамент современной академической иудаики.

Огромный вклад внесли евреи и в развитие российской культуры. В их числе великий пианист и создатель петербургской консерватории Антон Рубинштейн, скульптор Марк Антокольский, художники Исаак Левитан, Леон Бакст и др.

К концу XIX столетия еврейское население России насчитывало свыше пяти миллионов человек, большинство из которых все еще связывали свою судьбу с Российской империей. Никто еще тогда не мог предугадать, что до падения великой самодержавной империи менее двух десятков лет.

К началу XX века роль евреев в развивающейся капиталистической экономике России (прежде всего, западных ее областей) продолжала оставаться весьма значительной. В западных губерниях они представляли свыше 70% всего торгового класса, занимали видное место в пищевой промышленности, в частности в производстве сахара, активно участвовали в железнодорожном строительстве, в развитии речного судоходства, особо были заметны в финансовой сфере. Так же весьма выросло количество евреев в свободных профессиях, а в адвокатуре количество евреев даже стало преобладающим. Этому способствовали сохраняющиеся ограничения на принятие евреев на государственную службу.

Однако столь быстрое выдвижение евреев начинало раздражать все более широкие общественные круги. Оторванное от земли крестьянство, разорившиеся помещики, лишенные цеховых объединений мещане все чаще обращали внимание на успешность многих евреев в новых условиях. Отождествляя еврейство с новыми капиталистическими отношениями, они видели в нем угрозу коренным устоям, на которых многие века держалось российское государство, тем устоям, которые еще в середине XIX века были сформулированы в триаде «самодержавие, православие, народность».

Особое обострение еврейского вопроса приходится на начало XX века, когда страна вступает в полосу политической нестабильности, сопровождаемой постоянной революционной угрозой. В этот период проблема эмансипации евреев, бывшая долгое время одной из периферийных среди других проблем внутренней политики, вдруг приобретает принципиальное значение. Череда покушений на высших государственных чиновников, в организации которых часто принимали участие революционеры еврейского происхождения, придавало этой проблеме актуальную политическую окраску.

В этот период во властных структурах, занятых поиском разрешения еврейского вопроса столкнулись две точки зрения. Согласно одной из них, отстаиваемой Председателем комитета Министров С. Ю. Витте, министром финансов В. Н. Коковцовым, а также некоторыми губернаторами западных губерний, накал политической активности евреев и общую напряженность в обществе должно снизить предоставление евреям широких прав. Противоположная точка зрения опиралась на мнение, что уравнение евреев в правах вызовет массовое недовольство нееврейского населения империи, и тем самым только усугубит революционную ситуацию. Аргументом в пользу второй точки зрения стал масштабный Кишиневский погром 1903 года, инициированный местной антисемитской печатью и поддержанный полицией. Вызвавший огромный резонанс во всем мире, в самой России этот погром был воспринят гораздо менее негативно. На состоявшейся после этого встрече министра внутренних дел В. К. Плеве с лидером международной сионистской организации Теодором Герцлем Плеве заметил, что в сложившихся обстоятельствах лучшим способом разрешения еврейского вопроса было бы удаление евреев из страны.

В последующие годы ситуация продолжала накаляться, и пик антиеврейских настроений пришелся на революцию 1905–1907 годов. После опубликования 17 октября 1905 года манифеста о расширении свобод и открытии Государственной Думы начались еврейские погромы, охватившие 358 населенных пунктов. В них были убиты около тысячи евреев. Волна беспорядков продемонстрировала бессилие полиции перед погромщиками, и еврейская молодежь сама стала организовывать отряды самообороны. Впоследствии состоялись свыше 200 судебных процессов, на которых обвиняемыми выступали как погромщики, так и оказывавшие им отпор евреи.

События 1905 года усилили еврейскую миграцию. За последующие пять лет на Запад выехали почти миллион евреев. Многие отправлялись на Восток — во внутренние губернии России и Сибирь, где евреям не так грозило выдворение.

В этот период председатель Совета Министров П. А. Столыпин пытался практически подойти к разрешению еврейского вопроса. В сентябре 1906 года он подал императору записку с перечислением правовых льгот, которые он считал необходимым предоставить евреям. Николай II ответил на эту записку так: «Несмотря на вполне убедительные доводы в пользу принятия положительного решения по этому делу, внутренний голос все настойчивей твердит мне, чтобы я не брал этого решения на себя. До сих пор совесть меня никогда не обманывала. Поэтому и в данном случае я намерен следовать ее велениям <…> Сердце царево в руках Божьих. Да будет так. Я несу за все власти мной поставленные великую перед Богом ответственность и во всякое время готов отдать ему в том ответ».

Подобное мистическое настроение в оценке ситуации, выражаемое в то время императором и его ближайшим окружением, шло в разрез с попытками рационально мыслящих российских политиков исправить положение в стране. И хотя многие представители высшей бюрократии осознавали необходимость перемены еврейской политики, противостоять позиции неприятия евреев, которой придерживалась верховная власть, они были не в силах. Император выражал доверие лишь тем общественным слоям, которые безоговорочно поддерживали самодержавный характер правления и выражали крайние антисемитские взгляды. С 1905 года такой опорой монархии становятся правые черносотенные организации, среди которых «Союз русского народа» напрямую указывал одной из первейших целей своей политической программы удаление евреев из России.

С начала XX века некоторые меры в отношении евреев приобретают расовый характер. Так законы, принятые в 1912 году, запрещали производство в офицерское звание, а также поступление в Военно-медицинскую академию и кадетские корпуса не только иудеев, но также крещеных евреев, их детей и внуков. Эти решения были приняты в разгар инициированного черносотенцами процесса по делу Менахема Бейлиса, обвиненного в ритуальном убийстве христианского мальчика. Обвинение, предъявленное Бейлису, вызвавшее возмущение во всем мире, должно было, по мнению черносотенцев, доказать вред наносимый евреями русскому обществу. Однако осудить Бейлиса не удалось. На его защиту поднялись не только лучшие российские адвокаты, но и такие писатели как М. Горький и В. Г. Короленко. В результате в 1913 году суд присяжных Бейлиса оправдал. Но урон, нанесенный этим процессом образу России как цивилизованному государству, оказался весьма ощутим. В 1911 году США расторгли торговый договор с Россией, заключенный в 1832 году, а в период Первой мировой войны (1914–1918) продолжающаяся антисемитская политика российских властей усложнила получение зарубежных финансовых кредитов.

В 1915 году евреи прифронтовых областей вместе с другими беженцами получили право переселения во внутренние губернии России. Российский Генеральный штаб даже специально требовал такого перемещения, опасаясь, что евреи, как ущемленная в правах группа населения, будут оказывать помощь противнику. Таким образом, с 1915 года «черта еврейской оседлости» стала понятием, во многом, условным, и численность евреев в крупных российских городах стала резко возрастать. Депутат Четвертой Государственной Думы А .Д. Идельсон в одной из своих думских речей заметил, что «еврейские ограничения очень давно потеряли свой смысл и держались лишь в силу чиновничьей косности и боязни всякого нововведения».

Однако окончательное признание этого факта произошло лишь в феврале 1917 года, когда император Николай II подписал отречение от престола под давлением российского общества, не способного более терпеть голод, военные неудачи и неадекватность решений самодержавной власти. Эта подпись завершила двухсотлетнюю эпоху существования Российской империи и ознаменовала создание, пусть на недолгий срок, Российской республики, провозгласившей равенство всех граждан бывшей империи, в том числе и евреев. Произошедший в октябре 1917 года большевистский переворот не принес резкого изменения в худшую сторону правового положения евреев в государстве. Однако мощный идеологический фундамент, на котором базировалась новая власть и тот кризис, в который вошли страны Европы после разрушительной Первой мировой войны, не давал шансов надеяться на то, что история евреев России XX века окажется безоблачной.